O HIJPII igualmente acolhe em seu ambulatório e enfermaria pacientes com doenças complexas e raras, como fibrose cística, drepanocitose, diabetes tipo 1 e doenças neuromusculares, e ainda atende 40 crianças com internação domiciliar, que correspondem a 50 leitos hospitalares.
Ao mesmo tempo em que mantém a taxa de ocupação atual, o Hospital Infantil João Paulo II registra acúmulo de aposentadorias nos últimos 7 anos, exonerações, demissões, inexistência de concurso público, esgotamento dos concursados chamados no último concurso público, de 2012 e efetivados em 2014, e está impossibilitado legalmente de realizar contratação de médicos autônomos. Com isso, o HIJPII enfrenta dificuldades neste momento para manter simultaneamente o atendimento especializado e de apoio às UPAs, UBSs e Samu e também para o atendimento à demanda direta da população.
A presidência da Fhemig e a diretoria do HIJPII reafirmam que manterão plenamente o atendimento de pacientes graves e com doenças complexas e raras de responsabilidade quase exclusiva do HIJPII para Belo Horizonte e Minas Gerais e que serão envidados todos os esforços para, em conjunto com os gestores municipal e estadual, manter simultaneamente aberta a porta da procura direta para casos de menor gravidade.